Следственный изолятор №1 начинает свою историю с 1803 года. Так, в г. Улан-Удэ (ранее – г. Верхнеудинск) по указу Иркутской палаты был вначале выстроен Верхнеудинский деревянный острог.

Спустя более полувека (1866г.) по предписанию военного губернатора Забайкальской области решено было выстроить в Верхнеудинске каменную тюрьму. Строительные работы были закончены в 1886 году. Тюрьма была рассчитана на 440 человек. В 1894 году Верхнеудинский тюремный замок был переименован в тюрьму № 1. С 1964 года тюрьма №1 реорганизована в «Следственный изолятор №1».

Лимит наполнения составляет 1140 человек. В отдельных корпусах содержатся несовершеннолетние и осужденные, оставленные в учреждении для выполнения работ по хозяйственному обеспечению.

В 2000 году возобновил работу в корпусе несовершеннолетних учебно-консультативный пункт – филиал открытой сменной школы № 1. Продолжают работу учебно-производственные мастерские.

В течение 2004 года для улучшения условий содержания проводится реконструкция главного корпуса следственного изолятора. На четвертом этаже главного корпуса открыты семь камер на 14 мест.

В 2006 году в учреждении продолжилась масштабная реконструкция главного здания. В 2009 году завершено строительство и 23 сентября состоялось открытие нового корпуса для спецконтингента на 200 мест.

Руководит учреждением подполковник внутренней службы Капишулин Михаил Сергеевич.